Koncom školského roka, v júni 1946, prišiel na národnú školu obežník, v ktorom sa vyzývali učitelia, aby sa zúčastnili kurzu pre defektnú mládež. Zúčastnila sa ho pani Nora LEHOTAY. Stala sa prvou učiteľkou pomocnej triedy pri Prvej Národnej škole v Trnave, dňom 1. januára 1948. Počet detí sa v pomocnej triede pohyboval okolo 20. Nakoľko vzdelávanie žiakov bolo úspešné, došlo v školskom roku 1948/1949 k založeniu 2. pomocnej triedy s ďalšími 15 žiakmi. Učiteľkou sa stala Alena DOMORÁKOVÁ.

V školskom roku 1949/1950 vznikla Osobitná škola, ktorú navštevovalo 82 žiakov. Boli tu vytvorené 4 triedy. Triedy národnej školy nestačili a tak inšpektor ŠVOŇAVA umiestnil Osobitnú školu na Hollého ulicu č. 9. Tým sa Osobitná škola osamostatnila. Riaditeľom sa stal Eugen LEHOTAY.

V školskom roku 1951/1952 navštevovalo školu 122 žiakov. Učilo sa v šiestich triedach. Od roku 1951 bola vo funkcii riaditeľky Justína TAKÁČOVÁ. Počet detí v školskom roku 1952/1953 a v nasledujúcom školskom roku nasvedčoval tomu, že je nutné zmeniť priestory školy za väčšie. V siedmich triedach bol počet žiakov 120. Koncom školského roku sa Osobitná škola v Trnave presťahovala do budovy známej pod menom „tabulárny dom″. V školskom roku 1954/1955 nemali žiaci ešte nové učebnice. Od školského roku 1955/1956 sa učilo podľa učebných plánov. Školu navštevovalo 102 žiakov v ôsmich triedach. V školskom roku 1956/1957 bol opäť nedostatok priestorov.

V máji 1957 sa stal riaditeľom J. PAGÁČ, ktorý v tejto funkcii pôsobil až do roku 1970. V školskom roku 1957/1958 sa Osobitná škola presťahovala na Františkánsku ulicu, neskôr premenovanú na Ulicu kpt. Jaroša. V tom istom školskom roku sa zahájila internátna výchova. Počas sobôt a nedieľ niektoré deti odchádzali domov k rodičom, ostatné mali program, ktorý zabezpečovali vychovávateľky. V školskom roku 1958/1959 bol počet žiakov 194. Rozrastal sa nielen učiteľský zbor, ale aj vychovávateľský kolektív. Ku každej triede bola vytvorená jedna výchovná skupina. Vychovávatelia sa vzdelávali na Pedagogickom inštitúte, kurz trval dva roky.

V roku 1962 na internát nastúpila prvá vychovávateľka Karolína ŠELESTIAKOVÁ. Od roku 1970 do roku 1971 bola riaditeľkou Mária GEBAUEROVÁ. O rok neskôr pôsobila vo funkcii riaditeľky Alena DOMORÁKOVÁ. Od roku 1977 ju vystriedal Anton KOŠTEK. V roku 1987 sa riaditeľom školy stal František VALÁŠEK. Na funkcii riaditeľa pokračoval od roku 1989 Viliam KOVÁR.

V tom istom roku sa škola presťahovala z Trnavy do Cífera. V roku 1994 bola škola presťahovaná späť do Trnavy, do budovy internátu SPoŠ, na Zavarskej ulici.

Dňa 15. apríla 1998 bola do funkcie riaditeľky školy na základe výsledkov konkurzu vymenovaná Mgr. Alena PAGÁČOVÁ. Od roku 1998 zastáva funkciu zástupkyne riaditeľky školy Mgr. Lýdia KRUTÁ.

S platnosťou od 1. septembra 2000 sa zmenil názov z Osobitnej školy internátnej na Špeciálnu základnú školu internátnu.

V júni 2005 sme sa presťahovali do nových priestorov, na Spojnú 6. V školskom roku 2005/2006 sme sa rozlúčili s deťmi v ústavnej starostlivosti, ktoré boli premiestnené do detských domovov rodinného typu.

Od 1. januára 2018 sme sa spojili s OUI na Spojenú školu, Lomonosovova 8, 917 08 Trnava. Riaditeľkou sa stala Mgr. Katarína Machovičová, zástupkyňou pre org. zložku ŠZŠI Mgr. Mária Mončeková.

Od 1.9.2021 sú otvorené dve zložky Spojenej školy - Praktická internátna škola a Základná škola pre žiakov s autizmom.